モバイルSuicaアプリにて、以下の手順で解除できます。

1. モバイルSuicaアプリを起動しログイン
2. オートチャージ設定中のSuicaを選択し[Suica管理]をタップ
3. [オートチャージ設定]をタップ
4. [オートチャージを利用する]をスライドし、無効にする
5. [決定する]をタップ